ХТМУ провежда обучение на докторанти по петдесет и четири научни специалности в  областите на природни, технически, обществени и медицински науки и провежда процедури по присъждане на научни степени и академични длъжности в съответствие със Закона за развитие на академичния състав в Република България и Правилник за придобиване на научни степени и заемане на академични длъжности в ХТМУ.